این مسجد مشهورترین و مسجد کهن مکه است. موقعیت آن در پایین کوه حجون به مت حرم، حدود پنجاه متر بعد از پل حجون و در حاشیه قبرستان حجون است. خیابان کوچکی است در کنار مسجد با نام «شارع مسجد الجن» که هنوز تابلوی قدیمی آن بر دیوار وجود دارد.

از نامهای دیگر این مسجد، «مسجد الحرس» است. به نقل ازرقی، این نام از آن جهت است که صاحب الحرس، که در مکه گشت شبانه داشت، به این محل می آمد و در آنجا با عرفا - چهره های شناخته شده و برگزیده قبائل - و حراس دیگر، از شعب عامر و ثنیة المدنیین، دیدار می کرد.

بنا به نقل برخی از روایات، نامگذاری آن به مسجد جن به جهت رابطه ای است که با سوره جن دارد. می دانیم که سوره جن یکی از سوره های قرآن است. خداوند در این سوره فرموده است:

«جنها آیات الهی را شنیده و به آنها ایمان آوردند»

گویا این آیات در محلی که به نام مسجد

جن شهرت دارد، نازل شده است. برخی نامیده شدن آن را به مسجد البیعه، به دلیل بیعت جن با آن حضرت دانسته اند.

برخی روایات تاریخی به این نکته اشاره کرده اند که رسول خدا (ص) محل مسجد را برای عبد الله بن مسعود مشخص و معین فرمود.

از تاریخ بنای این مسجد، اطلاعی در دست نیست، اما می دانیم که مسجد در قرن دوم و پس از آن، به همین نام سرپا بوده و مورخان در طول قرون مختلف از آن یاد کرده اند.

مسجد جن در ناحیه شمالی مسجد الحرام، اندکی پس از پل حجون، واقع شده است. در شرق مسجد، خیابان مسجد الحرام و در غرب آن، خیابان جن قرار دارد و مسجد تقریبا در محل تلاقی این دو خیابان قرار گرفته است.

محل فعلی مسجد دقیقا در محل قبلی آن است و در بازسازی جدید، مساحت آن به 600 متر مربع رسیده است. بنای مسجد محکم و مناره ای در رکن شمال شرقی آن قرار دارد.